Ржавчина еловых шишек возникает от действий двух грибов. Один из видов грибов зимует на черемухе, другой вид предпочел грушанку. Особо популярен елово-черемуховый ржавчинник. Предрасположены к болезни следующие виды ели: ель европейская, финская, восточная, сибирская, финская и аянская. После поражения грибом, шишка становится «растрепанной», теряет способность к «урожайности» семян, приобретает темноватый оттенок. Такие шишки хорошо заметны издали. Болезнь проявляет себя с внутренней стороны шишек: появляются множественные шарики, крохотной величины, темно-коричневого цвета. Это так называемые энции, возбудителя болезни. Шишки заражаются вследствие действий базидиоспор, которые возникают на старых опавших листьях весенней порой. Чаще всего ржавчина еловых шишек встречается в населенных площадях ели.
Борются с болезнью следующим образом: сжигают собранные и складируемые больные шишки, уничтожают на семенных участках леса промежуточные растения паразитов.